sábado, octubre 25, 2003

A ver ya si puedo explicar que es el genotipado MIRUs de una manera clara.

Este método realiza el tipado de las micobacterias mediante un código numérico que corresponde al número de repeticiones en 12 loci diferentes de unas secuencias genética denominadas "mycobacterial interspersed repetitive units" (MIRUs)

Las repeticiones de estas secuencias son detectadas por PCR. Se emplea un PCR multiplex en la cual se usan como cebadores oligonucleotidos correspondientes a las regiones adyacentes a estas secuencias genéticas repetitivas que se identificaron en el genoma de M. tuberculosis H37Rv.

Se emplean 4 "mezclas de PCR multiplex", cada una dirigidas a tres de estos locus identificados con secuencia repetidas, estudiandose así 12 loci. En cada "mezcla de PCR multiplex" los primers de cada pareja de oligonucleotidos son marcados con una molécula distinta pudiendose de esta manera identificar el producto amplificado de cada unos de los 12 loci.

El producto amplificado de cada cepa a estudiar se somete a un secuenciador estimandose el tamaño de los fragmentos amplificados. Los datos obtenidos fueron sometidos a análisis mediante software. El número de unidades repetidas en cada locus se calcula mediante el tamaño de los fragmentos amplificados con primers específicos de las regiones que bordean los MIRUs.

Si esto aún no ha quedado claro recomiendo leer:

Automated High-Throughput Genotyping for Study of Global Epidemiology of Mycobacterium tuberculosis Based on Mycobacterial Interspersed Repetitive Units. Philip Supply, Sarah Lesjean, Evgueni Savine, Kristin Kremer, Dick van Soolingen, and Camille Locht. J. Clin. Microbiol. 2001.39:3563-3571.